Ateliers

Cet atelier a pour objectif de faire découvrir les outils de traitement de donnée (MS(/MS) et RMN) et d'analyses statistiques disponibles sur W4M - Galaxy. Les Participants repartiront avec une vision d'ensemble des outils et des supports d'auto-formation. Le profil des participants est plutôt «  débutant.e.s » dans l’analyse de données sur Galaxy-W4M (aucun prérequis nécessaire). Au programme : Introduction à W4M et de ses outils, suivie d’une session questions/réponses.

Personne(s) encadrant l’atelier: workflow4metabolomics@proton.me, Cedric Delporte, Yann Guitton

L’atelier a pour ambition de montrer comment utiliser efficacement la plateforme MetaNetX dans une approche centrée sur les métabolites, en particulier pour la conversion, la normalisation et la réconciliation des identifiants issus de différentes bases de données ou de réseaux métaboliques. Les participants découvriront comment exploiter les services de mapping de MetaNetX pour passer aisément d’identifiants d'une ressource (KEGG, ChEBI, BiGG, SEED ou HMDB) à une autre. L’atelier illustrera comment ces mappings peuvent être intégrés dans des pipelines de curation ou utilisés pour améliorer la qualité, la cohérence et la complétude d’une base de données interne, notamment lors de la construction ou de l’annotation d’un modèle métabolique. À travers des exemples pratiques, nous montrerons comment résoudre les ambiguïtés entre synonymes et structurer une base interne autour d’identifiants harmonisés. Enfin, l’atelier visera à discuter des bonnes pratiques et des limites actuelles, tout en recueillant les besoins des utilisateurs pour les futures évolutions de la ressource.

Personne(s) encadrant l’atelier: Florence Mehl, Marco Pagni

Cet atelier pratique a pour but d’apprendre à utiliser CINDERELLA, un outil R avec une interface utilisateur conviviale, permettant d’éliminer les artéfacts de manière semi-automatique et supervisée. A partir d’un jeu de données brutes pré-processées issues d’analyses GC ou LC-MS (table d’aires/intensités des features dans les échantillons) et des métadonnées, nous apprendrons à utiliser l’application R Cinderella pour 1/ imputer les valeurs manquantes, 2/ réaliser des normalisations, 3/ corriger les dérives analytiques et 4/ filtrer les artéfacts et les signaux peu pertinents biologiquement dans le but d’obtenir des données de qualité avant de réaliser des analyses statistiques. Cet atelier sera aussi l’occasion d’échanger autour des pratiques et besoins de chacun concernant le nettoyage des jeux de données de métabolomiques par spectrométrie de masse.

Personne(s) encadrant l’atelier: Mary-lorene Goddard, Nathalie Lacrampe

L’objectif de cet atelier est de démocratiser la création d’outils d’analyse en métabolomique via le vibe coding : une approche itérative où l’on formule ses besoins en langage naturel et où des agents IA génèrent, testent et améliorent du code en direct. Nous montrerons comment cette méthode peut réduire de plusieurs ordres de grandeur le temps et l’expertise nécessaires pour prototyper une application d’analyse.
La partie “concepts” couvrira : bonnes pratiques de prompts, structuration d’un mini-projet, tests rapides, traçabilité (git), et surtout garde-fous scientifiques (validation, reproductibilité, limites).
La partie pratique sera un live coding dans VS Code (idéal pour débuter) pour construire pas à pas un mini-outil métabolomique (lecture de données, pré-traitements/QC, normalisation, analyses simples et visualisations).

Personne(s) encadrant l’atelier: David Touboul, Robin Wisson, Camille Amoros, Noemie Butin